Haliçli bir balıkçının Sultan Murad’ın tahta oturduğu gün doğan ikizleri Hasan ve Yusuf anneleri ve babaları ölünce kimsesiz kalırlar. Bütün imparatorluğun Murad’ın acımasız yasaklarıyla ve hesapsız can almalarıyla korku içinde yaşadığı bir zamandır. Evlatlık verilen iki kardeş birbirilerinden ayrılmak zorunda kalırlar. Başkasının yanında sığıntılığı içine sindiremeyen Hasan babasının sandalıyla balıkçılık yaparken güzel Heleni’ye vurulur. Aşkı karşılıksız değildir ama yaşadıkları zamanın acımasız gerçekleri karşısında kavuşmaları mucizelere bağlıdır.

Yusuf bir tüccarın yanında kalmaktadır. Bir seyahat sırasında eşkıyanın baskınına uğrarlar. Yolda yanlarına aldıkları Floransalı hekim ve tüccar ölür. Hekim son nefesinde en değerli hazinesi olduğunu söylediği bir defteri Yusuf’a verir. Yusuf defterin sırrını çözebilmek ve kardeşine kavuşmak umuduyla yollara düşer. Ancak kaderinin kendisine yaşatacığı acılardan ve sevinçlerden habersizdir.

17.Yüzyıl İstanbulu'nun Haliç kıyılarından kaderlerinin ürkütücü labirentlerinde yolculuğa çıkan üç gencin anlatıldığı “Yusuf’un Defteri” okurunu son satırına kadar heyecan içinde tutmayı başarabilen bir roman.